Bachs Johannes-Passion (BWV 245) uit 1724 kreeg een jaar later, tijdens de vespers op Goede Vrijdag 30 maart 1725, een tweede uitvoering waarin Bach het één en ander wijzigde. Ten behoeve van uitvoeringen in latere jaren (1732, 1739, 1749) bracht Bach nog weer andere wijzigingen aan, soms in details, soms door hele stukken te vervangen en soms door eerdere wijzigingen weer terug te draaien, met als gevolg dat de laatste versie nog slechts in details verschilt van de eerste. De versie (Fassung) die tegenwoordig meestal wordt uitgevoerd en door de Neue Bachgesellschaft als BWV 245 wordt gepubliceerd is een Mischfassung van hoofdzakelijk deze laatste twee, die dus strikt genomen zo nooit door Bach is uitgevoerd. De van deze Mischfassung meest afwijkende versie, die daarom hier afzonderlijke bespreking krijgt en soms wordt uitgevoerd, is die van 1725. Een opname door de Bachvereniging o.l.v. René Jacobs (2021) vindt men hier.

De tabel brengt de compositiegeschiedenis in beeld.

Ten opzichte van de ons vertrouwde Mischfassung (en de oorspronkelijke versie van 1724) kent de 1725-versie zes belangrijke, hele delen betreffende veranderingen:
1. Het openingskoor Herr unser Herrscher is vervangen door de grote koraalbewerking O Mensch, bewein dein Sünde groß, die Bach waarschijnlijk al in Weimar componeerde en die later zou terugkeren als slot van het eerste deel van de Matthäus-Passion. Dit stuk wordt aldaar besproken.
2. Het slotkoraal Ach Herr, laß dein lieb Engelein werd vervangen door de koraalbewerking Christe, du Lamm Gottes, die in Leipzig al had geklonken als slot van Bachs sollicitatiecantate BWV 23 en die ik aldaar besprak.
3. De ons uit nr.33 van de Mischfassung vertrouwde maar uit het Mattheüs-evangelie geïmporteerde woorden Und siehe da, der Vorhang zerriss etc. verschenen pas in deze tweede versie, ter vervanging van de vergelijkbare passage uit het Marcus-evangelie in de 1724-versie en behoeven hier dus geen verdere toelichting.
Daarnaast voegde Bach drie nieuwe aria’s in die hieronder aan de orde komen.
4. Na het koraal nr.11, Wer hat dich so geschlagen volgt nu als nr.11+ de basaria Himmel reiße, Welt erbebe (BWV 245a), zie hieronder.
5. Deel 13, de tenoraria Ach, mein Sinn na Petrus’ woorden und weinete bitterlich verving hij door de aria Zerschmettert mich (BWV 245b), zie hieronder.
6. Het arioso nr.19, Betrachte, meine Seel, en de aria nr.20, Erwäge, vervangt Bach door de tenoraria Ach, windet euch nicht so (BWV 245c), zie hieronder.

Als reden voor tenminste enkele van deze wijzigingen kan men vermoeden dat Bach aan het slot van zijn jaargang koraalcantates van 1724/25 een passie wilde met krachtiger binding aan de koralen; daarvoor spreekt dat openings- en slotkoor nu grootschalige concertante koraalbewerkingen zijn geworden en er een extra koraal klinkt (in aria 11+).  Voorts valt op dat de passie door deze invoegingen een stuk dramatischer is geworden.

Wanneer Jezus in nr.10 een Backenstreich heeft gekregen reageert de gemeente met twee coupletten van het koraal Wer hat dich so geschlagen, waarna Bach in 1725 een briljante basaria (nr 11+, BWV 245a) invoegt, die hij waarschijnlijk al in Weimar componeerde. Het is in principe een continuoaria zoals we uit eerdere cantates in 1725 kennen (BWV 3/3, 111/2, 92/5) maar hier met twee extra’s:
(1) de sopraan doorsnijdt het gezang van de bas met een couplet van het koraal Jesu, deine Passion, en
(2) er treden ook twee traverso’s op, die echter geen melodische rol spelen maar slechts een ritmische en harmonievullende.
Uniek aan dit stuk is de naadloze integratie van aria- en koraaltekst, de twee tekstcomponenten kunnen als één doorgaand verhaal gelezen worden en delen zelfs hun rijmklanken.
Muzikaal is het de cello die met scheurende arpeggio’s en voortdurend repeterende zestienden de hoofdtekst illustreert.
Uiterst bevreemdend echter is de plaats waarop we deze aria met deze tekst in de passie aantreffen: terwijl de zerschlagne Jezus nog slechts een oorvijg heeft opgelopen gaat de tekst al over Golgatha, Dornen, Wunden en Sterben, en de titelwoorden Himmel reiße, Welt erbebe lijken te refereren aan de evangeliewoorden der Vorhang zerriß en die Erde erbebete die pas als nr.33, na het und verschied zullen volgen, dus op de plek waar in alle versies, ook die van 1725 de aria nr.32 staat, mein teurer Heiland: ook een basaria, eveneens met louter continuobegeleiding en ook met een erin gevlochten (maar ander) couplet van het koraal Jesu, deine Passion! De overgeleverde manuscripten sluiten een vergissing uit, en de musicologen blijven een verklaring schuldig.

(Simon Heighes en anderen die de muziek van de Markus-Passion (BWV 247) poogden te reconstrueren, constateerden dat het metrum van ariatekst nr.42 daarvan overeenkomt met dat van Himmel reiße en hergebruiken derhalve de muziek hiervan.)

Na de uit het evangelie van Mattheüs geïmporteerde woorden und [Petrus] ging hinaus und weinete bitterlich volgde in 1724 de dramatische tenoraria Ach, mein Sinn. Die vervangt Bach in 1725 door de aria Zerschmettert mich, ihr Felsen und ihr Hügel (BWV 245b), eveneens voor tenor en door strijkers begeleid, en minstens even dramatisch. Een woedearia in de beste operatraditie, waarin Petrus als belichaming van de modale gelovige alle mogelijke natuurgeweld over zich afroept.
De aria heeft een da-capostructuur, A-B-A: na het middendeel Ja, nähm ich gleich wordt het hoofddeel herhaald. Dat vertoont zelf een afwisseling tussen snelle (allegro) en langzame (adagio) passages. In de agressieve episodes illustreren strijkers het natuurgeweld, met flitsende 32-sten omhoog (Hügel) en omlaag (Strahl). De introspectieve, bedachtzame woorden  freventlich (misdadig), sündlich en vermessen daarentegen gaan als vrij recitatief, begeleid door kleurrijke strijkersakkoorden.
Het lyrische middendeel illustreert het fallt vor ihm met een knielende figuur en besluit met een lang melisma op Tränen dat (zie het muziekvoorbeeld) herinnert aan het voorafgaande weinen van Petrus.
Wanneer het hoofddeel wordt herhaald (da-capo) blijkt dat de tenor eindigt met een half-slot, een harmonisch open einde, het muzikale equivalent van het vraagteken. De na het koraal nr.14 volgende preek moet hier het antwoord op geven.

In 1725 vervangt Bach ten slotte ook de tweede tenoraria, Erwäge (nr.20), en schrapt tevens het voorafgaande arioso voor de bas, Betrachte, meine Seel (Nr.19); juist de twee stukken die gebruik maken van de allengs in onbruik gerakende instrumenten luit en viola d’amore en dus wellicht om de prozaïsche reden dat deze niet (meer) beschikbaar waren. Want de vervangende tenoraria Ach windet euch nicht so, geplagte Seelen (BWV 245c) kan moeilijk als een verbetering worden beschouwd. De instrumentale bezetting is identiek aan die van de altaria (nr.7) uit het eerste deel: continuo en twee hobo’s.
De blazers introduceren een thema dat uit twee delen bestaat die respectievelijk het kronkelen (winden) en angst, pijn en kruis illustreren (zie hieronder). Al snel (m.3) blijkt dat beide themadelen als elkaars contrapunt kunnen fungeren (zie hiernaast).

In de versie van 1749 ten slotte verschijnt de beroemde ‘regenboogaria’ (nr.20 Erwäge, erwäge) plotseling met een nieuwe tekst. De twee in onbruik geraakte viole d’amore zijn inmiddels vervangen door violen-con-sordino (met dempers) maar de muziek is ongewijzigd. De nieuwe tekst is een onmiskenbare knieval voor de, in het midden van de 18e eeuw veranderende tijdgeest: de barok maakt plaats voor rationaliteit en Verlichting: expressieve beelden worden vervangen door algemene en abstracte begrippen: blutgefärbter Rükken worden schmerzhaft bitter Leiden, Wasserwogen wordt vielen Schrecken, Regenbogen worden Lust erwecken en Gnadenzeichen verandert in Höll und Tod. Je kunt vermoeden dat het initiatief tot deze aanpassingen - waardoor allerlei karakteristieke tekst/muziek-relaties verloren gingen -  niet bij de inmiddels 64-jarige Bach heeft gelegen.